ATP（三磷酸腺苷）是生物體內(nèi)能量儲存和利用的重要分子，其結(jié)構(gòu)與功能在細(xì)胞活動中至關(guān)重要。針對題目選項，我們逐一分析：

A. ATP分子由1個腺嘌呤脫氧核苷酸和2個磷酸基團(tuán)組成 → 錯誤。ATP由腺嘌呤、核糖和三個磷酸基團(tuán)組成，其中腺嘌呤與核糖構(gòu)成腺苷，因此ATP是腺嘌呤核糖核苷酸，而非脫氧核苷酸（脫氧核苷酸中的糖是脫氧核糖）。

B. 3個ATP分子中含有9個高能磷酸鍵 → 錯誤。每個ATP分子含有2個高能磷酸鍵（位于磷酸基團(tuán)之間），因此3個ATP分子應(yīng)含有6個高能磷酸鍵。

C. ATP中的“A”與構(gòu)成DNA中的堿基“A”不是同一種物質(zhì) → 正確。ATP中的“A”指腺苷（由腺嘌呤和核糖組成），而DNA中的“A”僅指腺嘌呤堿基。兩者雖有聯(lián)系，但化學(xué)結(jié)構(gòu)不同。

D. 葉綠體內(nèi)ATP的運(yùn)輸方向是基質(zhì)→類囊體薄膜 → 錯誤。在光合作用的光反應(yīng)階段，ATP在類囊體薄膜上合成，并運(yùn)輸?shù)饺~綠體基質(zhì)中用于暗反應(yīng)，因此方向應(yīng)為類囊體薄膜→基質(zhì)。

綜上，本題正確答案為C。ATP作為“能量貨幣”，其合成與水解驅(qū)動細(xì)胞生命活動，理解其結(jié)構(gòu)細(xì)節(jié)（如高能磷酸鍵數(shù)量、組成成分）及在細(xì)胞器中的動態(tài)過程（如葉綠體內(nèi)的ATP流向），是掌握細(xì)胞能量代謝的關(guān)鍵。